Kota Ambon Memiliki Potensi Perikanan yang sangat Tinggi. potensi Sumber Daya tersebut sangat di pengaruhi oleh letak geografis Kota Ambon yang berbatasan langsung dengan Laut Banda yang merupakan salah satu Wilayah Pengelolaan Perikanan (WPP) di Indonesia. Berdasarkan Data Laporan Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Maluku (2013), total potensi yang tersedia di WPP-714 (Laut Banda) adalah sebesar 248.400 ton/tahun dengan jumlah tangkap yang diperbolehkan 198.700 ton/tahun.
Untuk kesesuaian zona perikanan tangkap ditetapkan wilayah perairan yang sesuai sub zona perikanan pelagis dan demersal dengan luasan 36.610,03 ha yang menempati 46,56% daro total luasan kota Ambon, kecuali Teluk Ambon Dalam dengan luasan 28.546,78 ha yang berada di koordinat 128° 12‘36, 721″BT dan 3° 46‘26, 447″LS.
Sedangkan Sub zona perikanan tangkap ikan demersal di Kota Ambon berada hampir di keseluruhan pantai sepanjang tepi kota Ambon dengan luasan 8.063,25 ha pada koordinat 128° 12‘24, 373″BT dan 3° 38‘51, 636″LS. Potensi ikan yang diamati pada wilayah 3 wilayah ekologis perairan di Kota Ambon, memiliki potensi pemanfaatan sebesar 24, 1 ton dengan potensi lestari (MSY) 11,35 ton dan yang sudah dimanfaatkan 3,54 ton/tahun.
Untuk kawasan budidaya laut yang efektif hanya di Teluk AmbonDalam sebesar 5.97 km2/597 Ha dari 1.127 Ha atau 11.3 km2, sedangkan kawasan Teluk Baguala dan Teluk Ambon Luar merupakan kawasan pendukung budidaya.
Luas Area Budidaya ikan di Kota Ambon sebesar 1.870 Ha terdiri atas 1.868,6 Ha untuk Budidaya Air Laut dan 3, 139 Ha untuk Budidaya Air Tawar. Potensi pengembangan kawasan budidaya air laut di Kota Ambon tersbar pada 3 wilayah pengembangan yaitu Wilayah Perairan Teluk Ambon (TAD), Teluk Ambon Bagian Luar (TAL) Teluk Baguala.