Dinas
- Dinas Kebersihan
- Dinas Kependudukan & Capil
- Dinas Kesehatan
- Dinas Koperasi dan UKM
- Dinas Pariwisata
- Dinas Pekerjaan Umum
- Dinas Pendapatan
- Dinas Pendidikan
- Dinas Perhubungan
- Dinas Kelautan dan Perikanan
- Dinas Perdagangan dan Perindustrian
- Dinas Pertanian dan Kehutanan
- Dinas Sosial
- Dinas Tata Kota
- Dinas Tenaga Kerja
Badan
- Badan Penanggulangan Bencana Daerah
- Badan Kepegawaian
- Badan Pemberdayaan Masyarakat, Perempuan dan Keluarga Berencana
- Badan Pengelola Keuangan(ppkd)
- Badan Pengelola Keuangan(skpd)
- Bappekot
- Inspektorat
- Sekretariat DPRD
- Badan Lingkungan Hidup
- Badan Pelayanan Perizinan Terpadu
Kantor
- Kantor Perpustakaan dan Arsip
- Kantor Pengolahan Data Elektronik
- Kantor Pemadam Kebakaran
- Kantor Pengelolaan Asset Daerah
- Kantor Satuan Polisi Pamong Praja
Bagian
- Bagian Hukum
- Bagian Humas dan Protokoler
- Bagian Kerjasama
- Bagian Kesejahteraan Rakyat
- Bagian Organisasi dan Manajemen
- Bagian Tata Pemerintahan
- Bagian Tata Usaha Pimpinan dan Ekspedisi
- Bagian Umum dan Perlengkapan
- Sekretariat Kota
Kecamatan
- Kecamatan Sirimau
- Kecamatan Nusaniwe
- Kecamatan Baguala
- Kecamatan Teluk Ambon
- Kecamatan Leitimur Selatan
Kelurahan
- Kelurahan Ahusen
- Kelurahan Amantelu
- Kelurahan Batu Gajah
- Kelurahan Batu Meja
- Kelurahan Benteng
- Kelurahan Honipopu
- Kelurahan Karang Panjang
- Kelurahan Kudamati
- Kelurahan Lateri
- Kelurahan Mangga Dua
- Kelurahan Nusaniwe
- Kelurahan Pandan Kasturi
- Kelurahan Rijali
- Kelurahan Silale
- Kelurahan Tihu
- Kelurahan Urimessing
- Kelurahan Waihaong
- Kelurahan Waihoka
- Kelurahan Wainitu